Der Nicolai Verlag blickt auf eine fast dreihundertjährige Geschichte zurück. 1713 gegründet, ist er einer der ältesten Buchverlage Deutschlands. Große geistesgeschichtliche Bedeutung erlangte der Verlag unter der Führung des Verlegers, Literaturkritikers und Philosophen Friedrich Nicolai, Sohn des Gründers Christoph Gottlieb Nicolai. Seine Publikationen und sein gesellschaftliches Wirken machten ihn zu einer der bedeutendsten Personen der Berliner Aufklärung. Zu den Autoren, die in jener Zeit im Nicolai Verlag veröffentlichten, zählen Lessing, Mendelssohn und Winckelmann.

Von 1758 bis zu seinem Tod im Jahr 1811 führte Friedrich Nicolai Buchhandlung und Verlag. Sein Schwiegersohn, Friedrich Parthey, übernahm daraufhin die Geschäfte; dessen Sohn Gustav Parthey leitete von 1825 bis 1866 den Verlag. In dieser Zeit, im Jahr 1858, erfolgte der Verkauf der bereits vor Verlagsgründung bestehenden Sortimentsbuchhandlung. Damit vollzog sich auch die Trennung von Verlag und Buchhandlung.

In den Jahren zwischen 1945 und 1964 ruhte das Unternehmen, die zwischenzeitlich in Westdeutschland registriert war. 1976 kehrte der Verlag nach Berlin zurück. Seitdem bietet Nicolai ein Programm hochwertiger illustrierter Bücher aus den Bereichen Architektur, Design, bildende Kunst, Fotografie, Kultur- und Zeitgeschichte an. Ein besonderes Programmsegment bilden speziell für Kinder und Jugendliche gestaltete Kunst- und Museumsführer. Außerdem entwickelte sich Nicolai zum führenden Verlag für Berlin-Literatur.

1995 wurde Nicolai an die Verlagsgruppe Georg von Holtzbrinck verkauft und gehörte seither als Tochterunternehmen zum S. Fischer Verlag. Im Jahr 2004 übernahm der Verleger Andreas von Stedman den Verlag. Seither wurde das Verlagsprogramm noch stärker profiliert und um den Schwerpunkt Gesellschaftspolitik erweitert.

Der Nicolai Verlag arbeitet seit Jahren eng mit führenden Institutionen aus den Bereichen Kunst, Kultur und Architektur in Berlin und Umgebung und mit wichtigen deutschen Wirtschaftsunternehmen zusammen. Dazu gehören unter anderem der Martin-Gropius-Bau, das Jüdische Museum, die Stiftung Preußischer Kulturbesitz, die Stiftung Brandenburger Tor, die Stiftung Preußische Schlösser und Gärten, die Kulturstiftung Dessau-Wörlitz, der Bund Deutscher Architekten, die Berliner Botschaften, die Deutsche Bank, die Deutsche Bahn und Audi.